Hipmi Kota Singkawang di pimpin oleh seorang Ketua Umum di dampingi oleh seorang Sekretaris Umum beserta lima Wakil Sekretaris Umum dan seorang Bendahara Umum berserta empat Wakil Bendahara Umum beserta sembilan Ketua Bidang beserta para Kompartemen dan Departemennya.
Kepengurusan BPD Hipmi Kota Singkawang mempunyai periode waktu selama tiga tahun dalam masa kepengurusannya. Seorang Ketua Umum BPD Hipmi Kota Singkawang di pilih secara demokratis oleh seluruh anggota dan pengurus BPD Hipmi Kota Singkawang.
Hipmi juga adalah Organisasi Kader sehingga seorang Ketua Umum BPD Hipmi Kota Singkawang hanya bisa menjabat sebagai Ketua Umum satu kali periode saja.
BPD HIPMI Kota Singkawang memiliki enam Badan Pengurus Cabang (BPC) yang mencakup seluruh wilayah Kota Singkawang yaitu Kota Singkawang Selatan, Timur, Pusat, Utara, Barat, dan Kepulauan Seribu.
